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Arbres généalogiques

1	Principe
2	Les commandes de la page d'accueil
3	Visualisation des résultats
4	Création et modification d'un arbre
5	Menu outil réglage de la précision
6	Signification de la barre de progression
7	Test de la précision
8	Notice technique

1. Principe
Bienvenu dans le programme Arbregen.
Ci-dessous l'aspect de l'affichage après avoir chargé un arbre et avoir lancé un calcul (l'arbre utilisé comme exemple est Sexe R Probable.arbre que vous trouverez avec quelques autres exemples dans le répertoire Arbregen).

1.1. Méthode de calcul
Le programme ne fait pas d'hypothèse à priori sur les génotypes autres que celles qui sont imposées lors de la construction de l'arbre (mode de transmission, phénotypes et sexes connus, probabilités d'être hétérozygote pour les individus en ‘frontière' de l'arbre).
Pour chaque individu il tire au sort un génotype compatible avec ces contraintes puis en tire les conséquences pour sa descendance. Si à un moment quelconque une contradiction apparaît (par exemple, un des deux parents ‘tire' un génotype homozygote normal alors qu'un de ses enfants est atteint) l'arbre est déclaré impossible et un autre arbre est calculé. Si un arbre est possible, il est pris en compte pour le calcul des probabilités des différents génotypes.

Par exemple, sur 100000 arbres calculés, 1000 s'avèrent être possibles, sur ces 1000 arbres, l'individu II-2 a été 600 fois hétérozygote, 400 fois homozygote normal, sa probabilité d'être hétérozygote est donc de 60%.

Le calcul est effectué sur un ou plusieurs mode de transmission suivant le choix effectué.

Si tous les modes sont sélectionnés, il affiche les modes possibles (au moins un arbre compatible avec les données) et un indice de probabilité comparant les différents modes.
Cet indice donne une indication mais n'est pas une probabilité.

1.2. Conventions d'écriture

Le programme ne traite que le cas d'un caractère déterminé par un seul gène avec deux allèles.
Allèle normal n (récessif) ou N (dominant).
Allèle muté responsable du phénotype atteint a (récessif) ou A (dominant).
Les différentes écritures sont les suivantes

	Autosomal
	Homozygote normal	Hétérozygote	Homozygote abnormal
Mode récessif	(N//N)	(N//a)	(a//a)
Mode dominant	(n//n)	(n//A)	(A//A)
	Lié au sexe
	Homozygote normal	Hétérozygote	Homozygote abnormal
Mode récessif
Femelle	(N//N)	(N//a)	(a//a)
Mâle	(N//Y)		(a//Y)
Mode dominant
Femelle	(n//n)	(n//A)	(A//A)
Mâle	(n//Y)		(A//Y)